ประวัติความเป็นมา
พ.ศ. 2481
ด่านศุลกากรนครศรีตั้งอยู่ริมคลองบริเวณสะพานราเมศวร์ ตั้งขึ้นตามกฎกระทรวงการคลัง ลงวันที่ 21 ตุลาคม 2481

พ.ศ. 2500
ด่านฯนครศรีธรรมราชถูกยุบ โดยประกาศยุบเลิกด่านศุลกากรนครศรีธรรมราช ตามกฎกระทรวงการคลัง ฉบับที่ 29
ลงวันที่ 13 พฤศจิกายน 2500 เนื่องจากลำคลองตื้นเขิน เรือสินค้าไม่สามารถเทียบท่าที่ด่านฯนครศรีธรรมราชได้
เรือสินค้าจึงย้ายไปเทียบท่าที่ด่านศุลกากรปากพูน ซึ่งตั้งอยู่ริมทะเลบริเวณแม่น้ำที่จะเข้าตัวจังหวัดนครศรีธรรมราช

พ.ศ. 2506
ยุบเลิก ด่านศุลกากรปากพูน และตั้งด่านศุลกากรนครศรีธรรมราชขึ้นใหม่ในวัดท่าแพ ตามกฎระทรวงการคลัง ฉบับที่ 41 (พ.ศ.2506)
ลงวันที่ 15 มกราคม 2506 และแต่ในระยะเวลาต่อมาเรือต่างประเทศเข้าเทียบท่าไม่ได้ ต้องจอดเทียบท่าบริเวณปากอ่าว อ.ท่าศาลา
ดังนั้น การปฏิบัติงานจึงต้องเปลี่ยนมาใช้เส้นทางบกเป็นส่วนใหญ่ ประกอบกับสภาพอาคารที่ทำการของด่านฯ ชำรุดทรุดโทรม สถานที่คับแคบ
และมีปัญหาเรื่องน้ำท่วมตลอด จึงได้มีการย้ายที่ทำการแห่งใหม่อีกครั้ง

พ.ศ. 2541
ที่ทำการด่านฯนครศรีธรรมราช ตั้งอยู่เลขที่ 430/6 หมู่ที่ 1 ทางหลวงหมายเลข 401 นครศรีธรรมราช ท่าศาลา ระหว่าง กม. ที่ 283-284
ต.ปากพูน อ.เมือง จ.นครศรีธรรมราช พิธีเปิดอาคารมีขึ้นเมื่อวันที่ 2 เมษายน 2541โดยตั้งขึ้นตามกฎกระทรวงการคลังกำหนดท่าหรือที่
สนามบินศุลกากร ทางอนุมัติ ด่านพรมแดนและด่านศุลกากร พ.ศ. 2553 ลงวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2553
ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 127 ตอนที่ 26 ก ลงวันที่ 21 เมษายน 2553

